Problème d'installation des packages R.temis et igraph

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maxence
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Problème d'installation des packages R.temis et igraph

Message par maxence » 15 nov. 2020, 21:58

Bonjour à tous,

J'utilise le logiciel R et l'interface R.studio pour de l'analyse statistique. Jusque là aucun souci.

En revanche, j'ai dernièrement tenté d'installer un package pour l'analyse textuelle statistique appelé "R.temis", sans succès.
J'introduis la commande dans R:

> install.packages("R.temis")

et voici ce que me retourne la console:

Installing package into ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘igraph’

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib ... 2.6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2715500 bytes (2.6 MB)
==================================================
downloaded 2.6 MB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib ... 1.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 103528 bytes (101 KB)
==================================================
downloaded 101 KB

ERROR: failed to lock directory ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’ for modifying
Try removing ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-igraph’
Warning in install.packages :
installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘igraph’ is not available for package ‘R.temis’
* removing ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/R.temis’
Warning in install.packages :
installation of package ‘R.temis’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpOfgzGh/downloaded_packages’

La seconde commande pour charger le package:

> library(R.temis)

Le second retour console:

Error in library(R.temis) : aucun package nommé ‘R.temis’ n'est trouvé

J'ai essayé de télécharger le package directement à partir du terminal ou de la logitech, ou encore de mettre à jour R mais ça n'a pas fonctionné. J'ai également essayé d'installer "igraph" seul, une fois encore sans y parvenir.

Voici la commande:

> install.packages("igraph")

Et le retour console:

Installing package into ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib ... 2.6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2715500 bytes (2.6 MB)
==================================================
downloaded 2.6 MB

ERROR: failed to lock directory ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’ for modifying
Try removing ‘/home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-igraph’
Warning in install.packages :
installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpOfgzGh/downloaded_packages’

La seconde commande pour charger le package:

> library(igraph)

Le second retour console:

Error in library(igraph) : aucun package nommé ‘R.temis’ n'est trouvé


Voilà où j'en suis.
Je débute, tant sur R qu'avec linux, alors je suis un peu perdu et une aide extérieure serait la bienvenue.

Merci par avance :D
Maxence

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naga
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Re: Problème d'installation des packages R.temis et igraph

Message par naga » 16 nov. 2020, 09:54

Bonjour,

je met les quelques petites règles de base en gras.

de manière générale, je dirais de toujours regarder dans la logithèque, si une version du logiciel existe (dans ce cas, non).

Sinon, toujours privilégiez les .deb à l'installation (on clique dessus et ça ouvre un installeur automatisé, mais dans ce cas, cela n'est pas non plus possible à priori).

Pour la suite, ceci étant un logiciel spécialisé, avec une installation très spéciale il va falloir beaucoup plus d'infos pour pouvoir répondre.

Sur quelle adresse le logiciel (R R.studio et les autres) a t'il été téléchargé ? Quel version a été sélectionnée ?
Qu'est ce qui a été fait pour l'instant et sur quelle procédure d'installation vous basez-vous ? (idem, adresse de référence).

Il n'y a qu'en comprenant ce qui a été fait que je pourrais reproduire et comprendre où ça bloque...

Sinon, au regard de retour de ligne de code (ce que l'on évite ici normaement, d'où le logiciel est très spécifique, ça donne :
1-J'essaye d'installer R.temis. R.temis n'arrive pas à s'installer (plusieurs erreurs)
2-Je lance la librairie R.temis. Ça ne fonctionne pas car ça n'est pas installé.
3-J'essaye d'installer igraph. Ça ne fonctionne pas car R.temis n'est pas installé.
4-Je lance la librairie igraph. Ça ne fonctionne pas car ça n'est pas installé.

Il faut repartir de l'étape 1, sinon, les suivante ne fonctionnerons pas.

L’ordinateur indique de supprimer /home/xubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-igraph . Ceci se trouve dans une zone protégée du disque où on ne peut pas ntervenir (car il y a des risques sinon. Pour outrepasser ces interdictions, on fait un clic droit sur le bureau et ouvrir un terminal ici. On tape

Code : Tout sélectionner

sudo thunar
et on tape le mot de passe (qui n’apparaît pas) pour avoir tout les droits dans Thunar le navigateur de fichier et on supprime le fichier indiqué et on relance la première commande.

Pas dit que cela fonctionne !

Car quand on cherche dans un moteur de recherche "installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status" on tombe sur un forum des développeurs et plein d'autres... (Toujours faire une recherche avant de poster sur un forum)

https://github.com/igraph/rigraph/issues/213
https://stackoverflow.com/questions/461 ... n-r-failed
et au moins 10 autres réponses traitant déjà de la question.

entre autre, quelqu'un parle d'installer "libxml2-dev" (Dans système / gestionnaire de paquets Synaptics, si on ne veut pas le faire en ligne de commande), mais à voir ce que l'on fait après la lecture, en premier la réponse du développeur puis les autres réponses.

en tout cas, c'est un bug de igraph (D'après un des développeur Gábor Csárdi : https://github.com/igraph/rigraph/issues/213), donc on ne peut pas faire grand chose que de voir comment il propose de le résoudre... ou comment quelqu'un d'autre l'a fait.

Le logiciel étant très spécifique (installation non classique du tout, du tout), si le fournisseur du logiciel a un forum, il est toujours préférable de leur demander, il connaît mieux son outil.
Association Nâga
Reconditionnement d'ordinateur sur Nantes Métropole
https://www.naga44.org/

:!: Merci d'indiquer les sujets comme "résolu" (à la fin du titre du premier message), une fois qu'il le sont.

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